La Maison des Sciences de l'Homme héberge chaque année 32 doctorants appartenant aux écoles doctorales "Droit, économie-gestion, sociétés, territoire -DEGEST-", "Cognition, éducation, interaction (CEI)" et "Sociétés, cultures, échanges (SCE)" de l'université de Nantes. Ils sont accueillis pour deux ans. La sélection des doctorants accueillis est opérée par la direction, sur proposition des directeurs des laboratoires associés, en prenant en compte la diversité des disciplines représentées et l'intérêt du sujet de recherche des postulants par rapport aux thématiques de recherche de la MSH.